烟草ESTs资源的SSR信息分析

• 作者: 胡重怡 蔡刘体 陈兴江
• 来源期刊: 生物技术通报
• 学科: 农学
• 关键词: 烟草 EST-SSR 重复基元
• 年，卷（期）: 2009,（7）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 82-85,93
• 页数: 5页
• 分类号: S5
• 字数: 3652字
• 语种: 中文

摘要

烟草ESTs数量迅速增加为开发新的SSR标记提供了宝贵的资源.经过软件分析,对242 683条烟草ESTs序列剔除冗余序列,在211 728条非冗余烟草ESTs序列中,共检索出9 339个SSR,SSR之间的距离约为14.21 kb,检出率为4.41%,包括216种重复基元.其中三核苷酸重复类型的SSR占主导地位,占总SSR的50.34%,其次为二核苷酸和单核苷酸,分别为23.00%,16.48%,其余重复类型所占比例均不足5%.在所有重复基元中,A/T重复为主要类型,占所有重复14.68%,其次为AT/TA、AG/TC、AAG/TTC,分别为10.49%、9.48%、6.85%.随机设计10对EST-SSR引物,对6个品种烟草进行扩增,10对EST-SSR引物均能扩增出产物,其中1对引物在6个品种有多态性.本研究为烟草EST-SSR标记的建立和进一步应用奠定了基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	胡重怡		16	118	7.0	10.0
2	蔡刘体		42	366	9.0	17.0
3	陈兴江		32	178	8.0	11.0