应用SYBR Green Ⅰ荧光显微镜计数法,研究了贵州阿哈湖和百花湖细菌和病毒丰度的垂直分布特征,探讨了它们与温度、pH、溶解氧(DO)、电导率和溶解有机碳(DOC)之间的关系.两湖DOC的浓度范围为1.48~2.96 mg·L-1,细菌丰度为(3.32~16.6)×106个·ml-1,病毒丰度为(1.87~12.5)×107个·ml-1,病毒丰度与细菌丰度的比值(VBR)变化范围为4.09~12.77,平均值均为百花湖(BH)>阿哈湖入湖区(AHB)>阿哈湖湖心区(AHA).细菌和病毒丰度由湖水表层至底层呈减少趋势.两湖细菌丰度均与温度、pH、DO呈显著正相关,与电导率呈显著负相关,且与病毒丰度呈极显著性正相关.阿哈湖细菌丰度与DOC显著正相关.在阿哈湖湖心区,病毒丰度与DOC呈显著正相关.在阿哈湖入湖区,病毒丰度与DOC无相关性.百花湖中,细菌、病毒丰度均与DOC无相关性.