Mapmarker/Exp 3.0遗传图谱构建中重要参数设置初步探讨

• 作者: 张泽全 彭正松 李俊 杨武云 胡晓蓉 董雪芳 赖运平 魏会廷
• 来源期刊: 西南农业学报
• 学科: 农学
• 关键词: Mapmarker/Exp3.0 遗传连锁图谱 LOD值
• 年，卷（期）: 2009,（6）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种·种质资源
• 页码范围: 1508-1513
• 页数: 6页
• 分类号: S03
• 字数: 3902字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1001-4829.2009.06.003

摘要

Mapmarker/Exp(3.0)是目前分子作图中应用最广的软件之一,但由于许多重要参数的默认值并非是作图的最佳值,影响提高作图的精确性.本文以川麦42×川农16重组近交系(F_8)作图群体为实例,对Mapmarker/Exp 3.0软件在遗传作图中不同LOD值、max distance值以及用compare and try、compare和order 3种排序方式对遗传图谱的影响进行了初步比较, 结果表明,作图过程中,不应强求采取统一LOD值,对于特殊的连锁群可采取不同的LOD值;max distance值在20至50为宜,值过小容易遗漏大量本来正确连锁的标记;小于等于7个标记的连锁群可直接用compare命令排序.