应用Affymetrix全基因组芯片检测染色体7q36区域的DNA拷贝数突变

• 作者: 吴凤霞 孙淼 张学 李宁 杨威 柳青 马芬
• 来源期刊: 中华医学遗传学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: Affymetrix SNP芯片 荧光定量PCR DNA重复
• 年，卷（期）: 2009,（3）
• 所属期刊栏目: 临床遗传学论著
• 页码范围: 336-339
• 页数: 4页
• 分类号: R4
• 字数: 3278字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3760/cma.j.issn.1003-9406.2009.03.022

摘要

目的 应用Affymetrix全基因组芯片结合荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qPCR)技术,进行致病性DNA拷贝数变异的精细定位研究.方法 以一个定位于染色体7q36的中国人遗传性三节拇指多并指综合征伴随Ⅳ型并指家系中的一例患者为研究对象.收集外周血标本,常规提取基因组DNA.应用Affymetrix Genome-Wide Human SNP Array 6.0芯片,将基因组DNA纯化,经过酶切、连接、扩增、标记、杂交、染色和扫描等步骤后得到原始数据,应用Affymetrix Genotyping Console 3.0软件进行拷贝数分析.在经芯片分析所确定的重复范围内设计引物,采用qPCR方法进行验证,并进一步缩小断端范围、精确重复区域范围.结果 将患者重复区域两断端范围由原来的113 kb和33 kb分别缩小到5.4 kb和1.8 kb,致病性DNA重复范围由原来的291～437 kb精确至379～387 kb.结论 应用Affymetrix全基因组芯片联合qPCR技术可以实现对DNA拷贝数突变的精确、可靠的检测.