亚历山大藻属微卫星标记的筛选

• 作者: 刘洁生 杨维东 王东东
• 来源期刊: 生态学报
• 关键词: 亚历山大藻 表达序列标签 微卫星标记 遗传多样性
• 年，卷（期）: 2009,（4）
• 所属期刊栏目: 研究简报
• 页码范围: 2124-2133
• 页数: 10页
• 分类号: X55
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:1000-0933.2009.04.060

摘要

采用生物信息学方法,从塔玛亚历山大藻的ESTs数据库中筛选微卫星(Simple Sequence Repeat, SSR)位点,设计SSR引物,利用毛细管电泳对4株塔玛亚历山大藻(Alexandrium tamarense)、2株相关亚历山大藻(Alexandrium affine)和1株链状亚历山大藻(Alexandrium catenella)进行种内、种间遗传多样性分析,获得以下主要结果:(1)从6830条非冗余的ESTs中共查找到222个SSR,平均每18.5kb就有一个SSR,三核苷酸重复在所有的重复类型中所占比例最大,达到48.2%,重复单元CTG/CAG出现频率最高.进一步筛选出12条SSR引物,用于遗传多样性分析.(2)种内遗传多样性水平整体偏低,多态性引物比率仅为41 67%,Nei's基因多样性平均为0.2130.种间遗传多样性水平较高,多态性引物比率为75%,Nei's基因多样性平均水平为0 4643;另外,种间遗传分化系数较高,平均水平为0.7051.(3)对7个样品的聚类图分析发现,A. tamarense CCMP116 与A. affine CCMP112遗传距离极为接近;A. tamarense ATHK9301、CCMP1598和ATDH01相互聚在一起;A. catenella ACDH01与A. tamarense分属两枝.以上结果表明,SSR标记在亚历山大藻种内遗传多样性分析方面是一种非常有用的工具.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘洁生	暨南大学生物工程学系	96	1709	24.0	35.0
3	杨维东	暨南大学生物工程学系	94	1694	24.0	35.0
9	王东东	暨南大学生物工程学系	2	10	1.0	2.0