猕猴桃EST序列的SSR信息分析

• 作者: 倪志华 姜春芽 廖娇 徐小彪 李晶
• 来源期刊: 中国农学通报
• 学科: 农学
• 关键词: 猕猴桃 表达序列标签 微卫星
• 年，卷（期）: 2009,（13）
• 所属期刊栏目: 农业生物技术科学
• 页码范围: 37-39
• 页数: 3页
• 分类号: S663
• 字数: 2289字
• 语种: 中文

摘要

[研究目的]通过筛查猕猴桃EST数据库中的SSR重复序列,可为开发出新型的猕猴桃EST-SSR标记和分子生物学研究奠定理论基础;[方法]从NCBI公共数据库中最新公布的猕猴桃表达序列标签(Expressed Sequence Tag,EST)中随机抽取56400条序列,应用SSRHtmter软件查找微卫星(Microsatellite,SSR)重复序列;[结果]研究结果表明,从猕猴桃EST序列中获得了7939条SSR,其中包括二核苷酸重复5131条(64.63%),三核苷酸重复1237条(15.58%),四核苷酸重复284条(3.58%),五核苷酸重复397条(5.00%),六核苷酸重复890条(11.2l%).在二核苷酸重复序列中,AG/CT共分布4654条(90.70%).大约每2.48 kb长度的单一基因序列中即存在1个SSR,即平均7个单一基因中存在1个SSR;[结论]在猕猴桃EST序列中,二核苷酸重复序列是最丰富的重复单元,其次为三核苷酸重复和六核苷酸重复.在所获得的SSR重复单元中,AG/CT为优势重复.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	徐小彪	江西农业大学农学院	119	1304	16.0	32.0
2	倪志华	江西农业大学农学院	6	44	3.0	6.0
3	姜春芽	江西农业大学农学院	6	79	4.0	6.0
4	廖娇	江西农业大学农学院	10	102	6.0	10.0
5	李晶	江西农业大学农学院	4	34	3.0	4.0