生物信息学预测GPⅡb/Ⅲa抗体CTL、Th的混合表位

• 作者: 刘顺会 张梅霞 李章球 胡海燕 陆志刚
• 来源期刊: 中国组织工程研究与临床康复
• 学科: 医学
• 关键词: 抗原表位 生物信息学 特发性血小板减少性紫癜
• 年，卷（期）: 2009,（4）
• 所属期刊栏目: 植入体相关基础实验
• 页码范围: 709-712
• 页数: 4页
• 分类号: R318.04
• 字数: 4650字
• 语种: 中文

摘要

背景:GPb/Ⅲa是特发性血小板减少性紫癜患者最常见的血小板糖蛋白,已证实该蛋白独特型抗体结合血小板后会激活补体,破坏血小板.目的:以GPⅡbⅢa抗体为靶抗原,应用生物信息学软件对其CTL,Th细胞表位进行多参数预测.设计、时间及地点:开放性实验,于2008-03/08在珠江医院血液科实验室完成.材料:GPⅡb/Ⅲa抗体的氨基酸序列由GENBANK公司提供.方法:分别应用SYFPEITHI,RANKPEP,BIMAS,SVMHC,PREDEP,MHCPRED,PROPRED软件对人和鼠源的血小板糖蛋白GPⅡb/Ⅲa抗体蛋白进行HLA-A*0201,HLA-A*1101,HLA-A*2401限制性表位预测,经去除能引起自身免疫的已发表的多肽,取前者覆盖后二者的多肽为混合CTL表位,再联合软件predTAP、TAPPred的TAP结合预测结果,以及NetChop、MAPPP、PAProC软件的蛋白酶切位点预测结果,取能包含二者的多肽为CTL修正表位.用基于肽MHC-Ⅱ结合的算法Syfpeithi,RANKPEP,Mhcpred,HLAPRED进行HLA-DR的Th表位预测,最后取Th表位覆盖CTL修正表位,得到CTL、Th细胞混合表位.结果:从1 740条多肽中筛选出5条人源抗人血小板糖蛋白GPⅡb/Ⅲa抗体的CTL、Th细胞混合表位肽,即Anti-GPⅡb/Ⅲa-Human的第1-15,24-38,50-64,65-81,109-121位:筛选出5条鼠源抗人血小板糖蛋白GPⅡb/Ⅲa抗体的CTL、Th细胞混合表位肽,即Anti-GPⅡb/Ⅲa-Mice的第1-15,26-40,46-60,68-82,93-107位.结论:根据血小板糖蛋白GPⅡb/Ⅲa抗体预测的CTL、Th细胞优势抗原表位,可用于制备特异性抗体,可成为特发性血小板减少性紫癜新疫苗研究的靶点.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张梅霞	南方医科大学附属珠江医院血液科	39	327	11.0	17.0
2	刘顺会	暨南大学生物信息学教研室	5	44	3.0	5.0
3	胡海燕	南方医科大学附属珠江医院血液科	46	140	6.0	8.0
4	陆志刚	南方医科大学附属珠江医院输血科	21	76	6.0	8.0
5	李章球	南方医科大学附属珠江医院血液科	4	22	3.0	4.0