桉树EST序列中微卫星含量及相关特征

• 作者: 尹佟明 张新叶 李淑娴 王英亚
• 来源期刊: 植物学报
• 关键词: 桉树 微卫星重复序列 微卫星丰度 微卫星长度变异 微卫星引物设计
• 年，卷（期）: 2010,（3）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 363-371
• 分类号: S7
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-3466.2010.03.008

摘要

通过对桉树属(Eucalyptus)的10 000条EST序列进行分析,在其中的1 499条序列上共发现1 775个微卫星重复序列.含有微卫星的EST序列约占序列总数的15%.此外,还发现桉树EST序列所含微卫星长度的变异速率与重复单元长度呈负相关;微卫星的丰度与重复单元长度也呈负相关(三碱基重复微卫星除外).在桉树EST序列中.重复单元长度为三碱基的微卫星最为丰富.三碱基重复单元微卫星的过度富集可能是由于遗传密码选择所致.在微卫星的丰度及长度变异方面,桉树EST序列与杨树(Populus trichocarpa)基因组注释的转录序列随重复单元长度的变化呈现出相同的规律,但桉树EST序列中微卫星频率及三碱基重复微卫星的含量显著偏低.推测含微卫星的摹因表达丰度极有可能低于不含微卫星的基因.通过对发现的所有微卫星位点进行引物设计,并对设计的引物进行PCR检测,结果表明所设计的引物具有极高的扩增成功率.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张新叶		83	754	14.0	23.0
2	尹佟明	南京林业大学森林遗传与生物技术省部共建重点实验室	41	1008	16.0	31.0
3	李淑娴	南京林业大学森林遗传与生物技术省部共建重点实验室	51	641	14.0	23.0
4	王英亚	南京林业大学森林遗传与生物技术省部共建重点实验室	1	54	1.0	1.0