猪源脑心肌炎病毒GXLC株全基因组序列测定与分析

• 作者: 刘棋 屈素洁 施开创 李刚 许瑞胜 郑敏 陈汉忠 陈进喜
• 来源期刊: 病毒学报
• 学科: 农学
• 关键词: 猪 脑心肌炎病毒 基因组 同源性比较 系统进化分析
• 年，卷（期）: 2010,（2）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 134-142
• 页数: 9页
• 分类号: S852.65~+9.6
• 语种: 中文

摘要

对猪源脑心肌炎病毒(EMCV)GXLC株进行全基因组克隆、测序和分析.采用RT-PCR技术分段扩增基因组可读框(ORF),应用3'-RACE和5'-RACE技术扩增3'-UTR和5'-UTR,分别对扩增片段进行克隆和测序.经拼接后获得GXLC株全基因组序列,共7725个核苷酸.与NCBI GenBank登录的国内外参考毒株进行同源性比较及系统进化分析结果表明,GXLC株与GXIO601、GXO602、BJC3、HB1等国内分离株以及CBNU、K3、K11、BEL2887A、EMCV-R、PV21等国外分离株同源性达99%以上;基于全基因组、结构蛋白及非结构蛋白基因序列绘制的系统进化树拓扑结构图相近,所有EMCV分离株可分成两个群:Ⅰ群和Ⅱ群,Ⅰ群可细分为Ⅰa亚群和Ⅰb亚群,其中猪源EMCV属于Ⅰa或Ⅰb亚群、鼠源EMCV属于Ⅰa亚群、野猪源EMCV属于Ⅱ群,GXLC株与其它中国分离株均属于Ⅰa亚群.