为了研究大林姬鼠两亚种(韩国的指名亚种及中国东北和内蒙古地区的东北亚种)线粒体DNA的变异程度并确定朝鲜亚种的分类地位,我们分别将来自韩国和中国东北长白山地区的两亚种的线粒体DNA的细胞色素b基因和控制区进行了测序分析.我们将测序所得到细胞色素b基因序列与来自基因库的大林姬鼠5个亚种的相应的单倍型进行了分析,结果显示大林姬鼠可分为4个类群[类群1:韩国大林姬鼠指名亚种;类群2:中国长白山和内蒙古地区的东北亚种、俄罗斯外加贝尔的majuculus亚种;类群3:中国长春的东北亚种、俄罗斯Pri-morye(俄罗斯远东地区)rufulus亚种、俄罗斯库页岛(俄罗斯远东地区)和日本北海道地区的giliacus亚种;类群4:中国黑龙江海林地区的东北亚种].线粒体的控制区序列分析显示韩国指名亚种也不同于中国东北地区的东北亚种.本研究的类群1,2和3与Serizawa et al.(2002)的研究的K、S和R的分支相对应.这表明韩国指名亚种(类群1和分支K)的线粒体DNA与其他类群不同.另外,我们还发现在细胞色素b基因构建的系统树中,东北亚种可以与类群2(分支S)及类群3(分支R的不同亚种聚合在一起.我们认为线粒体DNA的母性遗传与两个相邻亚种的个体之间的种内杂交造成了基于细胞色素b序列对东北亚种的聚类分析结果与基于形态学特征的分类结果的不一致.因此,我们提出对这些显示出核苷酸序列多样性的东北亚种不能只用细胞色素b的数据进行亚种分类,还应该结合形态学和核DNA特征进行进一步分析.最后,我们还发现韩国的指名亚种的细胞色素b序列在平均距离16.93%的基础上不同于来自基因库的A.speciosus.Jones and Johnson(1965)指出了韩国的大林姬鼠在形态上的区别,所以我们认为韩国的大林姬鼠指名亚种A.p peninsulae是一种具有形态和遗传特异性的地方亚种.