冷冻电镜密度图可视化软件VAT4M

• 作者: 刘俊 单桂华 叶良 汪云海 田东 迟学斌
• 来源期刊: 生物物理学报
• 学科: 工学
• 关键词: 冷冻电镜 可视化 体绘制 分割 匹配
• 年，卷（期）: 2010,（7）
• 页码范围: 590-599,523,封面
• 页数: 12页
• 分类号: TP319
• 语种: 中文

摘要

基于冷冻电镜三维密度图的特征分析,研究开发了冷冻电镜密度图可视化软件VAT4M(Visual Analysis Tools for Macro-Molecule Map and Model),实现了对三维冷冻电镜密度图的可视化分析,其主要功能包括密度图和分子模型的可视化、密度图的分割和晶体结构在密度图中的匹配.在可视化方面,在实现等值面可视化方法的同时还实现了体绘制可视化模式.对于结构分析,VAT4M提供了自动分割工具,和所见即所得的分割浏览器.同时,VAT4M还提供了极值吸收法与梯度法相结合的自动匹配方法,而且,对于具有对称性的密度图,可根据一个亚基的匹配结果,迅速得到其准原子模型.最后给出了若干应用实例.实验表明,本平台对冷冻电镜密度数据具有良好的可视与分析功能.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	迟学斌	中国科学院计算机网络信息中心	101	634	14.0	21.0
2	刘俊	中国科学院计算机网络信息中心	91	716	13.0	23.0
3	田东	中国科学院计算机网络信息中心	16	23	3.0	4.0
4	单桂华	中国科学院计算机网络信息中心	19	54	5.0	7.0
5	叶良	中国科学院计算机网络信息中心	2	1	1.0	1.0
6	汪云海	中国科学院计算机网络信息中心	1	0	0.0	0.0