甘蔗EST序列的SSR信息分析

• 作者: 潘永保 许莉萍 郭晋隆 闫学兵 阙友雄 陈如凯
• 来源期刊: 热带作物学报
• 学科: 农学
• 关键词: 甘蔗 表达序列标签 简单重复序列 特性
• 年，卷（期）: 2010,（9）
• 页码范围: 1497-1501
• 分类号: S566.102
• 字数: 3377字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-2561.2010.09.012

摘要

从NCBI公共数据库获得262 113条甘蔗EST,通过前处理和聚类拼接得到全长为50 058.89 kb的无冗余Unigene 62 565条.在这些序列中搜索出9482个SSRs,出现频率是15.15%;平均5.28 kb出现1个SSR.三核苷酸重复是主要的类型,占总SSRs的45.92%.CT和CGC是二、三核苷酸中的优势重复类型.分别占二、三核苷酸重复的21.22%和8.18%.此外还对筛选出的SSR进行多态性预测,得到了长度在20 bp 以上的低级基元一、二、三核苷酸EST-SSR共1 405条,占长度20 bp以上的SSR总数的59.16%.结果为甘蔗EST-SSR标记的开发和相关分子生物学研究提供资料和奠定基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈如凯		45	813	17.0	27.0
2	许莉萍		10	107	7.0	10.0
3	郭晋隆		4	32	2.0	4.0
4	阙友雄		7	43	4.0	6.0
5	闫学兵		1	10	1.0	1.0