生物信息方法预测高粱miRNA及其靶基因

• 作者: 方晓峰 曹君霞 杜江峰 武永军 赵亮 陶士珩
• 来源期刊: 科学通报
• 关键词: 微小RNA 高粱 基因组勘测序列 靶标
• 年，卷（期）: 2010,（7）
• 所属期刊栏目: 论文
• 页码范围: 553-561
• 页数: 9页
• 语种: 中文
• DOI: 10.1007/s11434-010-0035-4

摘要

miRNAs是新发现的一类长约21个碱基对的非编码RNAs.它们在转录后基因调控中起着重要作用.它们的靶目标涉及许多生物进程,如发育、新陈代谢、胁迫应答等.尽管已经有大量物种的miRNAs报道,然而关于高粱miRNAs的相关报道却十分有限.本研究通过基于基因组勘测序列(GSS)的同源序列搜索和miRNAs的二级结构分析,总共发现17条新的miRNAs.它们不均等的分布于11个miRNAs家族中.一些miRNAs的基因存在多位点并且不仅仅存在于单一基因位点上.大多数miRNAs存在同一生物界的保守性,但是我们发现,高梁sbi-miRl27和sbi-miR466分别表现出与人类(H.sapiens)和家鼠(M.musculus)具有高度序列相似性.通过靶基因预测软件MiRu对miRNAs的分析表明,它们可能调节64种靶基因,其中多数涉及RNA加工、新陈代谢、细胞周期、蛋白质降解、胁迫应答及转录.在11个miRNAs家族中至少有7个miRNAs的靶目标是NADPH-细胞色素p450还原酶、核苷二磷酸激酶、超氧化物歧化酶等一些在新陈代谢和胁迫应答中必要的蛋白,说明miRNAs在这些过程中起着十分重要的作用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	武永军		23	422	8.0	20.0
2	陶士珩		9	72	3.0	8.0
3	赵亮		12	108	5.0	10.0
4	杜江峰		2	0	0.0	0.0
5	方晓峰		2	8	1.0	2.0
6	曹君霞		1	0	0.0	0.0