从氨基酸序列预测蛋白质折叠速率

• 作者: 刘广雄 李杰 王云鹤 郭建秀 饶妮妮
• 来源期刊: 生物化学与生物物理进展
• 学科: 生物学
• 关键词: 蛋白质折叠 折叠速率预测 伪氨基酸组成 蒙特卡罗方法
• 年，卷（期）: 2010,（12）
• 页码范围: 1331-1338
• 页数: 8页
• 分类号: Q612|Q51|Q811.4
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1206.2010.00380

摘要

蛋白质折叠速率预测是当今生物物理学最具挑战性的课题之一.近年来,许多科研工作者开展了大量的研究工作来探索折叠速率的决定因素,许多参数和方法被相继提出.但氨基酸残基间的相互作用、氨基酸的序列顺序等信息对折叠速率的影响从未被提及.采用伪氨基酸组成的方法提取氨基酸的序列顺序信息,利用蒙特卡洛方法选择最佳特征因子,建立线性回归模型进行折叠速率预测.该方法能在不需要任何(显示)结构信息的情况下,直接从蛋白质的氨基酸序列出发对折叠速率进行预测.在Jackknife交互检验方法的验证下,对含有99个蛋白质的数据集,发现折叠速率的预测值与实验值有很好的相关性,相关系数能达到0.81,预测误差仅为2.54.这一精度明显优于其他基于序列的方法,充分说明蛋白质的序列顺序信息是影响蛋白质折叠速率的重要因素.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	饶妮妮		54	440	12.0	18.0
2	李杰		35	273	8.0	15.0
3	刘广雄		4	8	2.0	2.0
4	王云鹤		4	12	2.0	3.0
5	郭建秀		1	0	0.0	0.0