褐飞虱EST资源的微卫星信息分析

• 作者: 侯茂林 刘玉娣
• 来源期刊: 昆虫学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 褐飞虱 生物信息学 表达序列标签 EST-SSRs 查找标准 重复基元
• 年，卷（期）: 2010,（3）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 239-247
• 分类号: Q966
• 语种: 中文

摘要

表达序列标签(expressed sequence tags,ESTs)是开发微卫星标记的一个重要的资源.褐飞虱Nilaparvata lugens (St(a)l)EST序列的公布为开发EST-SSRs提供了宝贵的数据资源,本研究利用生物信息学对NCBI公共数据库中的37 398条褐飞虱ESTs序列进行EST-SSRs特征分析,得到全长为7 619.324 kb的无冗余EST 9 852条.按照3个不同的查找标准在这些序列中搜索SSR.查找结果显示:褐飞虱EST-SSRs主要重复基元以1～3碱基为主,占总EST-SSR的95%以上.在单碱基重复基元中,A/T是占优势的重复基元,在二相重复类型中,AG/CT重复基元出现的频率最多,而AAG/CTF是三相重复中占绝对优势的重复基元.在褐飞虱EST.SSRs中未查找到GC重复基元.以100 bp为参照,在3种查找标准下含有SSR的EST序列中两端侧翼序列均≥100 bp的序列分别为738,89和42个.通过分析褐飞虱EST-SSRs标记可以为褐飞虱和近缘种的SSR标记的开发提供信息,同时通过分析褐飞虱EST-SSRs的分布频率和分布特征可以为昆虫EST-SSRs的研究提供借鉴和参考.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	侯茂林	中国农业科学院植物保护研究所植物病虫害生物学国家重点实验室	24	452	11.0	21.0
2	刘玉娣	中国农业科学院植物保护研究所植物病虫害生物学国家重点实验室	10	98	6.0	9.0