应用比较基因组分析检测乙型肝炎病毒中可能的重组事件

• 作者: 南蓬 叶琳 张原 梅旖 钟扬
• 来源期刊: 科学通报
• 关键词: 乙型肝炎病毒 重组 RDP3 Simplot
• 年，卷（期）: 2010,（14）
• 所属期刊栏目: 论文
• 页码范围: 1322-1328
• 页数: 7页
• 语种: 中文
• DOI: 10.1007/s11434-010-3109-4

摘要

应用生物信息学软件RDP3和Simplot及5种重组检测算法(RDP,GENECONV,MaxChi,Chimaera和SiScan),对791个人类乙型肝炎病毒(HBV)全基因组和38个非人灵长类乙型肝炎病毒全基因组序列进行了比较分析,以检测可能的重组事件及重组子.用RDP3检测出9个重组事件及61个重组子,并用Simplot分析确定了具有两条亲代序列的6个事件中重组发生的位置.61个重组子中53个为首次发现.研究还表明PreC/C基因区域和基因边缘附近发生重组频率较高.