Toppgene筛选肺腺癌候选疾病基因

• 作者: 叶云 王桂平 郑文岭 马文丽
• 来源期刊: 中国肺癌杂志
• 学科: 医学
• 关键词: Toppgene 基因功能相似性 肺腺癌 基因
• 年，卷（期）: 2010,（4）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 282-286
• 页数: 5页
• 分类号: R734.2
• 字数: 3662字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3779/j.issn.1009-3419.2010.04.02

摘要

背景与目的 肺腺癌是危害人类健康最主要的肺癌类型之一,其发生机制仍不清楚.本研究利用生物信息学方法,筛选新的肺腺癌候选基因,为揭爪肺腺癌发病机制提供依据.方法 从GEO数据库中获得GSE10072和GSE7670两个数据集,然后利用dchip软件进行差异表达基因分析,将其获得的差异基囚定义为"榆测基因集"(testgene set);采用genecard和Fable文献挖掘已知肺腺癌疾病基因,并将其定义为.训练基凶集"(traingene set);最后,利用Toppgene筛选肺腺癌候选基因,并通过荧光定量PCR对其获得的部分基因进行验证.结果 获得一个含344个基因的"检测基冈集"和含277个基因的"训练基凼集".采用Toppgene共获得36个候选疾病基因,其中21个基因则在肿瘤方面的研究几无报道.荧光定量PCR实验研究发现,CD36、PMAIP1及FABP4三个基因在A549细胞中均为下调表达,与芯片数据一致.结论 Toppgenenf发现新的肺腺癌候选疾病基因,为下一步发现特异性肺腺癌致病基凶提供理论依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	马文丽	南方医科大学基因工程研究所	275	1255	15.0	23.0
2	郑文岭	南方医科大学基因工程研究所	121	603	11.0	20.0