用生物信息学挖掘玉米中的microRNAs及其靶基因

• 作者: 刘丽 宋锐 张志明 彭华 沈亚欧 潘光堂 罗茂 赵茂俊
• 来源期刊: 作物学报
• 关键词: microRNA(miRNA) 生物信息学 预测 靶基因 玉米
• 年，卷（期）: 2010,（8）
• 页码范围: 1324-1335
• 分类号: S5
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1006.2010.01324

摘要

microRNA(miRNA)是一类内源性的、19～24碱基长度的小分子非编码RNA,通过碱基互补调控靶基因的表达,在多细胞生物的基因表达调控过程中扮演着十分重要的角色.植物中的miRNAs具有高度的保守性,这为通过同源比对发现保守的miRNAs提供了思路和途径.本研究通过对拟南芥、水稻等植物已知的miRNAs与玉米EST和GSS数据库的比对,并设置一系列严格的筛选标准,共筛选到23条新的玉米miRNAs;利用WMD 3在线植物miRNAs靶基因预测软件,对新发现的玉米miRNAs进行靶基因预测,总共预测到89个靶基因,进一步功能分析发现,这些靶基因参与玉米的生长发育、信号转导、转录调节、新陈代谢及逆境胁迫响应等调控过程.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	潘光堂	四川农业大学玉米研究所	134	2744	32.0	45.0
2	赵茂俊	四川农业大学玉米研究所	35	520	14.0	21.0
3	刘丽	四川农业大学玉米研究所	22	235	9.0	14.0
4	张志明	四川农业大学玉米研究所	22	446	11.0	21.0
5	沈亚欧	四川农业大学玉米研究所	14	257	8.0	14.0
6	罗茂	四川农业大学玉米研究所	3	63	3.0	3.0
7	宋锐	四川农业大学玉米研究所	1	19	1.0	1.0
8	彭华	四川农业大学玉米研究所	1	19	1.0	1.0