马蹄香表达序列标签资源的SSR信息分析

• 作者: 周天华 朱云国 李珊 杨晓伶 程舟 赵桂仿
• 来源期刊: 中草药
• 学科: 医学
• 关键词: 马蹄香 表达序列标签 EST-SSR
• 年，卷（期）: 2010,（3）
• 所属期刊栏目: 药材与资源
• 页码范围: 464-468
• 页数: 5页
• 分类号: R282.2
• 语种: 中文

摘要

目的 分析马蹄香EST资源的SSR信息,为开发EST-SSR标记奠定基础.方法 从GenBank中获得马蹄香EST序列,用Sequencher 4.8软件进行序列拼接得到Uni-EST序列,用SciRoK03.4软件对Uni-EST序列进行SSR扫描,分析EST-SSR的分布频率和重复基元的类型特征.结果 共获得10 274条马蹄香EST序列,通过预处理共得到全长为5.11×10~6bp的无冗余Uni-EST 6 643条.在这些序列中共搜索出1 408个SSR位点,分布在1 232条Uni-EST序列中,发生频率为18.55%,EST-SSR的平均长度为22.30 bp,平均每3.63 kb含1个SSR位点.单核苷酸重复在马蹄香EST-SSR中占主导地位,发生频率为12.24%,其次为二核苷酸重复,发生频率为5.01%.在所有重复基元中,A/T基元出现频率最高,其次为AG/CT.结论 马蹄香EST中SSR出现的频率较高,并且类型较为丰富.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	朱云国	同济大学生命科学与技术学院	26	210	9.0	14.0
2	杨晓伶	同济大学生命科学与技术学院	30	450	13.0	21.0
3	李珊	同济大学生命科学与技术学院	44	549	14.0	22.0
4	赵桂仿	西北大学生命科学学院	88	2332	25.0	46.0
5	程舟	同济大学生命科学与技术学院	38	527	14.0	22.0
6	周天华	西北大学生命科学学院	3	65	3.0	3.0