陆地棉EST长度多态性与其SSR分布特征相关性分析

• 作者: 李廷春 林毅 樊洪泓 王亚男 蔡永萍 陈允峰
• 来源期刊: 生物技术
• 学科: 生物学
• 关键词: 陆地棉 EST-SSR 序列长度 重复基元
• 年，卷（期）: 2010,（1）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 1-4
• 页数: 4页
• 分类号: Q811.4
• 字数: 3895字
• 语种: 中文

摘要

目的:分析陆地棉EST长度多态性与其SSR分布特征的相关性.方法:从NCBI公共数据库下载陆地棉EST序列,应用SSRIT搜索SSR,分析20 000条无冗余的EST序列.结果:在剔除低质量和冗余的序列后,得到全长为7 363.878kb的无冗余EST序列7 322条,其中含有SSR位点的EST序列数520条,占被分析EST比例的2.60%.长度在400bp以下的EST序列含SSR的比例为1.46%;长度在400bp以上的EST序列含SSR的比例为8.94%.在1～6bp的重复基元中,二核苷酸重复基元的SSR重复频率最高,占总数的63.46%,其次是三核苷酸,占总数的34.04%.二核苷酸类型(AG)n、(AT)n和三核苷酸类型(AAG)n、(ACC)n、(ACT)n、(AAT)n是SSR的主要重复基元.结论:棉花EST-SSR可用于棉花分子标记,为有针对性设计陆地棉EST-SSR引物奠定基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	蔡永萍	安徽农业大学生命科学学院	167	2775	29.0	45.0
2	林毅	安徽农业大学生命科学学院	139	2078	27.0	38.0
3	李廷春	安徽农业大学生命科学学院	15	221	8.0	14.0
4	樊洪泓	安徽农业大学生命科学学院	42	540	13.0	22.0
5	王亚男	安徽农业大学生命科学学院	3	27	3.0	3.0
6	陈允峰	安徽农业大学生命科学学院	2	13	2.0	2.0