大豆二核苷酸SSR侧翼序列保守性分析

• 作者: 林毅 樊洪泓 盛新颖 蔡永萍 詹少华
• 来源期刊: 大豆科学
• 学科: 农学
• 年，卷（期）: 2010,（2）
• 所属期刊栏目: 遗传育种·分子生物学
• 页码范围: 195-198
• 分类号: S565.1
• 字数: 2867字
• 语种: 中文

摘要

从NCBI下载了大豆的EST和GSS序列,以SSR两侧序列各100 nt的片段作为分析材料,统计SSR数目、计算侧翼序列碱基组成,对SSR侧翼序列进行了序列比对和数据库blast搜索.分析表明:大豆SSR分布频率为1/6.67kb,侧翼序列GC含量为37.83%,二核苷重复是SSR的主要类型(65.7%),同一种重复基元的SSR存在多类型侧翼序列,同一类型的侧翼序列高度保守,不同类型的侧翼序列之间相似性较小,尤其是非SSR区域可以存在与SSR侧翼序列相同的序列.由上述结果推断SSR引物可能扩增出不含SSR的产物,易位可以产生形成新类型SSR.这一分析结果有助于提高SSR引物设计效率和进一步阐明SSR的形成机理.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	蔡永萍	安徽农业大学生命科学学院	167	2775	29.0	45.0
2	林毅	安徽农业大学生命科学学院	139	2078	27.0	38.0
3	樊洪泓	安徽农业大学生命科学学院	42	540	13.0	22.0
4	詹少华	皖西学院化学与生命科学系	27	409	12.0	20.0
5	盛新颖	安徽农业大学生命科学学院	5	48	4.0	5.0