辣椒EST-SSRs分布特征及其应用

• 作者: 于彩云 刁卫平 刘金兵 戈伟 支莉 潘宝贵 王述彬
• 来源期刊: 江苏农业学报
• 学科: 农学
• 关键词: 辣椒 EST-SSR 标记开发 功能
• 年，卷（期）: 2010,（6）
• 页码范围: 1323-1328
• 分类号: S641.3
• 字数: 3614字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-4440.2010.06.037

摘要

从NCBI数据库获得116 952条辣椒ESTs序列,通过软件除去赝象序列后得86 496条非冗余序列,利用SSRLoctor软件分析后共发现1 736个微卫星分布于1 658条ESTs序列中,EST-SSRs序列出现频率为1.92%.在辣椒EST-SSRs中,二核苷酸重复类型出现频率最高,占总SSR的56.4%,其次是三核苷酸重复类型,占总SSR的23.3%.共检测到149种基序重复类型,重复基序出现频率最高的为GA/TC,AG/CT次之.1 658条EST序列中可设计出引物810对,功能注释结果表明,具有生物进程、细胞组成和分子功能的EST序列分别为297条、271条和316条.随机选择100对EST-SSR引物对17份辣椒材料进行遗传多样性分析,结果表明,80对EST-SSR引物能够得到有效扩增,其中46对引物表现出多态性扩增,每对引物检测到等位基因数1～3个,平均1.9个.经由NT-SYS2.10软件聚类,在相似系数为0.718时,供试的17份辣椒种质资源分为6个亚类,表明开发的EST-SSR可用于辣椒种质资源遗传多样性分析.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王述彬	江苏省农业科学院蔬菜研究所	99	728	13.0	22.0
2	刁卫平	江苏省农业科学院蔬菜研究所	35	144	7.0	10.0
3	刘金兵	江苏省农业科学院蔬菜研究所	85	622	13.0	21.0
4	潘宝贵	江苏省农业科学院蔬菜研究所	81	546	13.0	19.0
5	戈伟	江苏省农业科学院蔬菜研究所	33	130	7.0	9.0
6	支莉	南京农业大学园艺学院	1	14	1.0	1.0
10	于彩云	南京农业大学园艺学院	1	14	1.0	1.0