浙江省茶树地方品种与选育品种遗传多样性和群体结构的EST-SSR分析

• 作者: 乔婷婷 刘饶 周炎花 姚明哲 陈亮 马春雷
• 来源期刊: 作物学报
• 关键词: 茶树 遗传多样性 遗传结构 EST-SSR
• 年，卷（期）: 2010,（5）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种·种质资源·分子遗传学
• 页码范围: 744-753
• 分类号: S5
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1006.2010.00744

摘要

以茶树品种龙井43幼根为材料,构建cDNA文库并测序,获得4 833条EST序列,拼接后得到3 482条无冗余EST,总长2 290 kb.对其进行SSR搜索,共检测到577个SSR位点,分布于500条茶树幼根EST中,其中含有EST-SSR的序列占14.36%,平均每3.97 kb出现一个SSR.利用Primer premier 5.0,对含有SSR的EST设计引物416对,通过退火温度和多态性筛选,确定可用的引物及其最佳退火温度,并从筛到的引物中选取63对及 1 对已发表引物作为核心引物,对浙江省茶树地方品种和选育品种进行遗传多样性和遗传结构分析.结果显示,64对引物均在供试材料中表现出多态性,共检测到232个等位位点,平均每对引物3.6个;每对引物可鉴定的基因型为2～13个,平均4.3个.供试材料多态性信息量(PIC)介于0.02～0.84,平均0.44;扩增位点的观测杂合度平均为0.44,期望杂合度平均为0.48.地方品种的遗传多样性水平略高于选育品种(系).不同地方资源群体多态性信息量为0.24～0.36,举岩群体的多样性最高,惠明群体的多样性最低.浙江各地区以杭州资源的多态性最高,PIC达0.41;丽水的多态性最低,PIC为0.24.Structure 2.2群体结构分析和UPGMA聚类分析表明,地方品种、选育品种(系)具有相对独立的群体结构,选育品种(系)根据亲缘关系的不同形成不同的类群.