基于位置相互关系的模体识别算法

• 作者: 张守霞 高琳
• 来源期刊: 电子科技
• 学科: 工学
• 关键词: Gibbs 依赖性 生物信息学
• 年，卷（期）: 2010,（1）
• 所属期刊栏目: 协议·算法及仿真
• 页码范围: 15-17
• 页数: 3页
• 分类号: TP391
• 字数: 2468字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1007-7820.2010.01.006

摘要

DNA序列中的模体发现是生物信息学中重要的问题.目前解决这一问题的算法,如Gibbs采样算法,都假设模体内部各个位置之间相互独立.但最近的生物实验证实,有些模体内部各个位置之间存在明显的依赖性.文中将内部依赖性引入得分函数,同时改进了Gibbs采样算法的收敛条件和相移方法,提出PIGS算法.实验结果表明,查找出的模体在准确度方面有较大提高.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	高琳	西安电子科技大学计算机学院	43	810	16.0	28.0
2	张守霞	西安电子科技大学计算机学院	1	0	0.0	0.0