一种基于KEGG数据库重构代谢网络的新方法

• 作者: 周婷婷 容健锋 朱云平 王勇献 王正华 董蕴源
• 来源期刊: 计算机工程与科学
• 学科: 工学
• 关键词: 代谢网络 网络构建 KEGG数据库 Web服务 MySQL
• 年，卷（期）: 2010,（8）
• 页码范围: 104-107,111
• 分类号: TP391
• 字数: 3954字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1007-130X.2010.08.029

摘要

从代谢物、酶和生化反应信息重新构建正确的代谢网络是各项代谢网络相关研究非常关键的第一步.针对以往重构方法存在的数据难以及时更新、数据有冗余、获取数据慢等问题,本文采用分而治之的递归策略,提出了一种基于KEGG数据库自下而上重构全物种代谢网络的新方法.与以前的方法相比,本方法的优点在于:使用KEGG的Web服务获取数据,以保证数据的准确性和及时更新;依靠KEGG/PATHWAY库的数据选择机制选取数据,以保证构建网络的数据无冗余;整个方法基于Java实现,保证程序的跨平台通用性;通过构建MySQL本地数据库将远程数据本地化,大大降低数据读取的时耗.评估结果显示,该方法不仅能够保证重建网络数据的准确性和及时更新,而且有效地提高了多物种多次重构情况下的网络重构效率.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王正华		6	34	4.0	5.0
2	周婷婷		1	9	1.0	1.0
6	容健锋	香港理工大学计算学系	1	9	1.0	1.0
7	董蕴源		1	9	1.0	1.0
8	王勇献		2	13	2.0	2.0