口蹄疫病毒O型与A型编码基因的密码子使用

• 作者: 刘永生 周建华 张杰 陈豪泰 马丽娜
• 来源期刊: 中国人兽共患病学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 口蹄疫病毒 密码子使用 密码子相对使用概率 氨基酸使用相对概率 方差分析
• 年，卷（期）: 2010,（5）
• 所属期刊栏目: 实验研究
• 页码范围: 442-446
• 分类号: Q349
• 字数: 3322字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1002-2694.2010.05.010

摘要

对于54个编码口蹄疫病毒 O型和A型多聚蛋白质编码序列密码子使用的方差分析表明,这两种血清型多聚蛋白质的密码子(GCC、GCG、AGA、CGG、GGC、GGU、CAC、CAU、AUA、AUU、CUG、CCC、AGC、UCU、ACA、ACC、ACG、ACU)使用偏性有显著区别.然而,通过对氨基酸使用偏性的分析,我们只是找出Ala、Arg、Leu、Phe、Ser在O和A型多聚蛋白质中的使用偏性有显著差异.由此我们发现,密码子的使用偏性比氨基酸使用偏性能提供更多的信息.通过对A型和O型的密码子使用整体性分析,两者密码子使用偏性的相似性可能与tRNA丰度相关的.这些密码子使用偏性的内在联系表明口蹄疫病毒 A型和O型的基因组变异所涉及到同义密码子的选择上可能存在着某种选择机制.