基于茎区组合的RNA二级结构预测算法

• 作者: 陈涛 骆嘉伟
• 来源期刊: 计算机应用
• 学科: 工学
• 关键词: RNA二级结构 茎区 假结 拟序集 极大链
• 年，卷（期）: 2010,（6）
• 所属期刊栏目: 典型应用
• 页码范围: 1694-1697
• 分类号: TP301.6
• 字数: 4750字
• 语种: 中文

摘要

RNA二级结构预测是生物信息学的研究热点和难点,特别是对于含假结的RNA二级结构的预测,已经被证明是NP问题.根据RNA折叠的特点,提出了一种基于茎区组合的智能优化算法来预测RNA的二级结构.该算法以RNA的茎区为基本单元,结合图论思想,通过二元关系的基本理论,依据自由能最小原则获取茎区的最优组合.该算法的时间复杂度为O(n3),空间复杂度为O(n2),而且可以发现假结.实验结果证明了算法的有效性.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈涛	湖南大学计算机与通信学院	63	688	15.0	24.0
2	骆嘉伟	湖南大学计算机与通信学院	53	417	12.0	18.0