自行构建人类白细胞抗原DQA1位点基因分型寡核苷酸芯片性能评价:100例样本与PCR-SSP法的比较

• 作者: 彭莉 王天骄 王彤 王杰
• 来源期刊: 中国组织工程研究与临床康复
• 学科: 医学
• 关键词: 人类白细胞抗原DQA1 寡核苷酸芯片 序列特异性引物-聚合酶链反应 基因分型 细胞移植
• 年，卷（期）: 2010,（44）
• 页码范围: 8245-8248
• 分类号: R617
• 字数: 4405字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1673-8225.2010.44.019

摘要

背景:人类白细胞抗原等位基因分型对器官移植和法医鉴定等有重要意义.目前的分型方法难以实现高通量和集成化,准确性和重复性也不理想.目的:比较自行构建的寡核苷酸芯片与序列特异性引物-聚合酶链反应(polymerase chain reaction with sequence-specific primers,PCR-SSP)两种方法用于人类白细胞抗原DQA1基因分型的结果,以评价寡核苷酸芯片的性能.方法:纳入2006-01/2009-03丁中国医科大学附属第一医院血液科门诊就诊的患者100例.分别用等位基因特异的PCR-SSP和自行构建的寡核苷酸芯片对患者的人类白细胞抗原DQA1进行分型.寡核苷酸芯片分型采用荧光标记的组间特异性引物扩增基因组DNA,扩增后的产物与分型芯片的探针杂交,由杂交产生的荧光信号确定人类白细胞抗原DQA1位点基因型.比较两种方法分型所获得的结果,不吻合的样本经第三方测序验证.结果与结论:100例临床样本经寡核苷酸芯片和PCR-SSP分型全部成功.分型结果的吻合率为94%.不吻合样本6例,其中4例PCR-SSP定型为杂合子,芯片分型全部为纯合子.经第三方验证,证实芯片的分型全部正确.另外2例不吻合的样本经测序,证实SSP分型错误1例,芯片分型错误1例.芯片的重复率为95%.说明自行构建的寡核苷酸芯片的特异性和灵敏度都能满足基因分型的需要,且稳定性较好.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王杰	沈阳医学院基础医学部生物化学教研室	33	124	7.0	9.0
2	王天骄	中国医科大学生物芯片中心	10	26	3.0	4.0
3	王彤	沈阳医学院基础医学部生物化学教研室	21	64	6.0	6.0
4	彭莉	辽宁省血液中心沈阳中心血站质量检验科	6	4	1.0	2.0