基于CUDA的蛋白质翻译后修饰鉴定MS-Alignment算法加速研究

• 作者: 涂强 翟艳堂 迟学斌 郎显宇 陆忠华
• 来源期刊: 计算机应用研究
• 关键词: 蛋白质翻译后修饰鉴定 MS-Alignment 图形处理器 统一计算设备架构
• 年，卷（期）: 2010,（9）
• 页码范围: 3409-3414
• 分类号: TP312
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1001-3695.2010.09.056

摘要

对MS-Alignment算法进行分析得出该算法很难满足大规模数据对鉴定速度的要求,而且具有的一个特点是相同的任务在不同的数据上重复计算,为数据划分提供了基础.基于CUDA编程模型使用图形处理器(GPU)对步骤数据库检索及候选肽段生成进行加速优化,设计了该步骤在单GPU上的实现方法.测试结果表明,此方法平均加速比为30倍以上,效果良好,可以满足蛋白质翻译后修饰鉴定中大规模数据快速计算的需求.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陆忠华		7	40	4.0	6.0
2	迟学斌		10	83	6.0	9.0
3	翟艳堂		1	4	1.0	1.0
7	涂强		1	4	1.0	1.0
8	郎显宇		1	4	1.0	1.0