基于贪婪算法的疾病相关蛋白质子网搜索

• 作者: 樊振杰 王炜
• 来源期刊: 科技与创新
• 关键词: 蛋白交互网络 贪婪算法 蛋白质子网 C++
• 年，卷（期）: 2010,（6）
• 所属期刊栏目: 软件时空
• 页码范围: 188-189,217
• 分类号: TP391.4|Q811.4
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.2095-6835.2010.06.077

摘要

各种研究结果不断证明,人类各种常见疾病都属于复杂疾病,是由多基因、多因素、遗传和环境共同作用的结果.借助于高通量生物技术的飞速发展,生物学家建立起了蛋白交互网络,如果借助复杂网络研究的方法,从这些网络中找出与疾病相关的蛋白质子网络,将有助于我们更深入地了解生物体的运作机制.本文提出了一种基于贪婪算法的搜索方法,能够自动地搜索整个网络中的子网或模块,并且能够结合芯片数据同时进行T检验来判断子网络对疾病表型的区分能力.通过计算子网的P值,给出该蛋白质子网络的统计显著性值并进行区分能力排序.运行结果表明,本方法不但能够用于发现已知的疾病蛋白,而且能够对未知的蛋白进行预测,结合生物芯片技术,将会对疾病基因的研究提供有价值的信息.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王炜	兰州大学信息科学与工程学院	42	91	5.0	8.0
2	樊振杰	兰州大学信息科学与工程学院	1	1	1.0	1.0