麻风树EST-SSR的筛选和分析

• 来源期刊: 安徽农业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 麻风树 EST-SSR
• 年，卷（期）: 2010,（11）
• 所属期刊栏目: 农业生物技术
• 页码范围: 5551-5552
• 分类号: S718.46
• 字数: 2069字
• 语种: 中文

摘要

[目的]开发麻风树EST-SSR标记,为遗传多样性分析、种质资源鉴定等研究提供理论依据.[方法]以麻风树EST序列为材料,运用CAP3软件对EST序列进行组装后,再运用SSRIT软件进行EST-SSR标记的预测.[结果]麻风树13 193条EST序列经组装后获得6 281个UniGene,其中1 367个Contig,4 914个Singleton.利用SSRIT在线软件对UniGene分析得到206条EST-SSR.拼接后的Unigene含有SSR位点的频率为3.28%,麻风树EST-SSR的发生频率为1/29 kb.这些EST重复基元中,三核苷酸重复和二核苷酸重复最多,分别占24.76%和21.84%;五、六核苷酸重复次之,分别占16.50%、20.39%;单、四核苷酸的重复基序最少,分别占9.71%和6.80%.在所有的核苷酸重复基序中,二核苷酸重复序列AG所占比例最高,约占12.62%;三核苷酸重复序列中,所占比例最高的是AAT和AAG,各占6.80%、6.31%.[结论]上述结果对于开展麻风树分子辅助育种研究具有一定的指导意义.