家蚕第12连锁群EST-SSR标记的筛选和分析

• 作者: 朱勇 李傲祥 李冠楠 杜文华 米智 阮成龙 隆耀航
• 来源期刊: 昆虫学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 家蚕 连锁群 表达序列标签 EST-SSR标记 多态性
• 年，卷（期）: 2011,（11）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 1223-1230
• 分类号: Q963
• 语种: 中文

摘要

为了探究家蚕Bombyx mori EST-SSR标记的多态性,对检索获得的家蚕第12连锁群的4 465条EST序列进行了分析,整理和拼接后得到581条非冗余EST序列,总长度约为480 kb.其中,有122条序列中共检测到154个EST-SSR,占所研究的EST序列的2.73％,平均每3.12 kb含有一个EST-SSR.在所检测的EST-SSR中,三核苷酸和四核苷酸重复是主导类型,分别占总数的36.36％和28.57％,大部分表现为Perfect形式；核苷酸重复平均长度约为16.2 bp,最长为30 bp.进一步进行同源性分析,发现有26条序列可以在NCBI中检索到同源序列,在这些序列中一共含有40个SSR,其中14个(35.0％)位于5’-UTR,11个(27.5％)位于3’-UTR,15个(37.5％)位于CDS区.根据筛选到的微卫星序列没计11对引物,其中8对引物有扩增产物,目条带清晰；应用引物ES1204对8个家蚕品种进行PCR扩增都呈现多态性.结果说明通过家蚕EST数据库发掘SSR标记是一条可行的途径.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	朱勇	西南大学生物技术学院	86	497	10.0	19.0
2	米智	西南大学生物技术学院	15	67	4.0	7.0
3	隆耀航	西南大学生物技术学院	10	198	5.0	10.0
4	杜文华	西南大学生物技术学院	7	34	4.0	5.0
5	李冠楠	西南大学生物技术学院	15	231	6.0	15.0
6	阮成龙	西南大学生物技术学院	8	49	3.0	7.0
7	李傲祥	西南大学生物技术学院	5	23	3.0	4.0