家蚕LTR逆转录转座子的鉴定、分类及系统发育分析

• 作者: 向仲怀 张化浩 张泽 沈以红 许红恩 韩民锦
• 来源期刊: 昆虫学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 家蚕 基因组 转座元件 LTR逆转录转座子 系统发育分析 组织表达谱
• 年，卷（期）: 2011,（11）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 1211-1222
• 分类号: Q966
• 语种: 中文

摘要

转座子是真核生物基因组的重要组成成分.为了研究家蚕Bombyx mori长末端重复序列(long terminal repeat,LTR)逆转录转座子的分类及进化,本研究采用de novo预测和同源性搜索相结合的方法,在家蚕基因组中共鉴定出了38个LTR逆转录转座子家族,序列长度占整个基因组的0.64％,远小于先前预测的11.8％,其中有6个家族为本研究的新发现.38个家族中,26个家族有表达序列标签(expression sequence tag,EST)证据,表明这些家族具有潜在的活性.对有EST证据的6个家族和没有EST证据的5个家族用RT-PCR进行了组织表达谱实验,结果表明这11个家族在一些组织中有表达,这进一步证实了这些家族具有转录活性,基于此我们推测家蚕中大部分的LTR逆转录转座子家族很可能具有潜在活性.对转座子的插入时间进行估计,结果表明绝大部分元件都是最近1百万年内插入到家蚕基因组中的.我们还比较了黑腹果蝇Drosophila melanogaster、冈比亚按蚊Anopheles gambiae和家蚕B.mori中Ty3/Gypsy超家族分支的差异,结果表明不同枝在不同昆虫中有着不同的扩张.家蚕中LTR逆转录转座子的鉴定和系统分析有助于我们理解逆转录转座子在昆虫进化中的作用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	向仲怀	西南大学生物技术学院农业部蚕桑功能基因组与生物技术重点开放实验室	67	465	11.0	20.0
2	沈以红	西南大学生物技术学院农业部蚕桑功能基因组与生物技术重点开放实验室	33	97	5.0	8.0
3	韩民锦	西南大学生物技术学院农业部蚕桑功能基因组与生物技术重点开放实验室	5	14	2.0	3.0
4	许红恩	西南大学生物技术学院农业部蚕桑功能基因组与生物技术重点开放实验室	2	11	2.0	2.0
5	张化浩	西南大学生物技术学院农业部蚕桑功能基因组与生物技术重点开放实验室	2	11	2.0	2.0