乙醇合成途径的计算机重构

• 作者: 何涛 汪莉 王东 王玉民 邵卫东
• 来源期刊: 生物技术通讯
• 学科: 生物学
• 关键词: 乙醇 基因工程菌 合成生物学 广度优先搜索算法
• 年，卷（期）: 2011,（4）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 513-518
• 分类号: Q811.4
• 字数: 3549字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1009-0002.2011.04.014

摘要

目的:用计算机重构乙醉合成途径,为合成生物燃料乙醇提供理论依据.方法:利用KEGG反应、化合物数据提取反应等式,过滤掉42个通用代谢物参与的反应,然后利用剩下的反应构建反应矩阵;利用广度优先搜索算法在反应矩阵中搜索生成乙醇的代谢途径.结果:计算机重构了23 108条乙醇合成途径,以大肠杆菌作为产乙醇基因工程菌为例,通过限制改构菌整合的关键酶数目,分别得到了78条以酒精O-乙酰基转移酶为关键酶的乙醇合成通路和89条以丙酮酸脱羧酶和乙醇脱氢酶为关键酶的乙醇合成通路,并构建了相应的乙醇合成网络图,标注每个反应的酶及编码该酶的基因.结论:通过计算机方法重构了多种乙醇合成途径,可以为利用微生物工业化生产乙醇提供理论依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王东	苏州大学电子信息学院	27	205	8.0	12.0
5	何涛	军事医学科学院生物工程研究所	9	19	3.0	3.0
6	邵卫东	苏州大学电子信息学院	12	40	3.0	6.0
7	汪莉	军事医学科学院生物工程研究所	15	84	4.0	8.0
8	王玉民	军事医学科学院生物工程研究所	32	154	7.0	11.0