黑麂MHC-DQA2基因多态性

• 作者: 吴海龙 朱飞虎 虞健 闫计春 骆涛林
• 来源期刊: 兽类学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 黑麂 MHC DQA2 多态性 平衡选择 跨物种进化
• 年，卷（期）: 2011,（1）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 90-96
• 分类号: Q346
• 语种: 中文

摘要

利用牛特异性扩增DQA2第2外显子的嵌套引物,对黑麂基因组DNA进行PCR扩增和克隆测序,基于该序列设计出黑麂DQA2基因第2外显子特异性引物.利用该引物,通过PCR-SSCP以及克隆测序技术,从40个黑麂样品中获得4个不同的DQA2等位基因.没有一个个体同时具有2个以上的等位基因,所有序列均不含插入或缺失突变,不含终止密码子,因此,本研究所扩增的DQA2基因可能是表达的单基因座位.抗原结合区(Peptide binding region,PBR)非同义替换率(dn)显著大于同义替换率(ds)(P＜0.05),暗示该座位曾经历过明显的正选择作用;进一步利用CODEML程序中的相关模型以及贝叶斯法检测出4个受选择作用的氨基酸位点(α11、α58、α62、α66),这4个位点均位于PBR区.基于NJ法构建的部分偶蹄类DQA外显子2系统发生关系显示,黑麂4个DQA2等位基因与牛、羊以及梅花鹿的DQA2等位基因构成独立的进化枝,在该进化枝内,黑麂DQA2等位基因优先与牛DQA2等位基因聚类,暗示黑麂DQA2基因在进化过程中存在跨物种进化现象.上述结果表明平衡选择是维持黑麂DQA2基因多态性的主要机制然而,本研究从40个样品中仅检测出2个杂合子,黑麂DQA2等位基因之间的频率存在显著差异,推测可能是所检测的样品来源于不同种群,由于华伦德效应(The Whalund effect)导致杂合度降低,也不排除本文所设计的引物在PCR扩增过程中存在无效等位基因.