1998-2009年浙江省H3N2亚型流行性感冒病毒全序列变异的研究

• 作者: 冯燕 卢亦愚 徐昌平 莫世华 赵斐斐
• 来源期刊: 中华预防医学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 流感病毒A型,H3N2亚型 序列同源性 变异(遗传学)
• 年，卷（期）: 2011,（7）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 612-618
• 分类号: R373.13
• 字数: 4590字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3760/cma.j.issn.0253-9624.2011.07.010

摘要

目的 比较1998-2009年浙江省H3N2亚型流行性感冒(简称流感)流行株HA基因进化与全基因进化状况的一致性,并探讨全基因组序列上可能存在的潜在抗原区域.方法 选择浙江省CDC流感实验室于1998-2009年流感疫情中分离保存的H3N2亚型流感流行代表株19株,采用RT-PCR法进行全基因组序列扩增,并将这些毒株与10株同期H3N2亚型流感疫苗株进行全序列及HA1基因的系统进化比较;通过氨基酸替换比较、熵值计算及正向选择位点的筛选,确定各基因上的氨基酸易变位点.结果 H3N2亚型流感病毒的全序列长度为4466个氨基酸,其中有137个氨基酸位点发生稳定变异.在HA基因上第144和158位氨基酸分别经历了4次和3次替换,NA基因的第93、143、307、370、372位氨基酸和NP基因的第450位氨基酸经历了2次替换,且HA基因和NA基因上分别有29%(12/41)和77%(24/31)的变异位点位于已知抗原决定簇之外的区域.氨基酸位点熵值分析显示,HA基因非抗原决定簇的3、225、361位,NA基因非抗原决定簇的93、143、147、150、372位,PB1基因的113、576、586位,PA基因的101、256、382、421、437位,NP基因的377、450位,M1基因的218位及M2基因的31位氨基酸均为易变位点.结论 浙江省1998-2009年H3N2亚型流感病毒在HA和NA已知抗原决定簇之外的区域与部分内部基因上,可能存在着一些尚未被发现或者新形成的抗原位点.与HA基因的系统进化比较,全序列能更为全面地反映出流感流行株之间的亲缘关系与进化规律.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	卢亦愚	浙江省疾病预防控制中心病毒检验所	127	1020	16.0	23.0
2	徐昌平	浙江省疾病预防控制中心病毒检验所	44	355	10.0	16.0
3	冯燕	浙江省疾病预防控制中心病毒检验所	45	420	12.0	18.0
4	莫世华	浙江省疾病预防控制中心病毒检验所	19	169	6.0	12.0
5	赵斐斐	宁波大学医学院	3	8	2.0	2.0