基于紫外光谱-惩罚岭型线性判别对STR基因座分型研究

• 作者: 牟红元 王心良 谢洪平 齐斌
• 来源期刊: 抗感染药学
• 学科: 医学
• 关键词: 短串联重复序列 紫外光谱 惩罚岭型线性判别 基因分型
• 年，卷（期）: 2011,（1）
• 所属期刊栏目: 研究生论文
• 页码范围: 25-28
• 分类号: R915
• 字数: 2688字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-7878.2011-01-008

摘要

目的:结合紫外光谱(UV-s)和惩罚岭型线性判别(PRLDA)模式识别方法建立短串联重复序列(STR)的基因分型方法.方法:以D16S539基因座的9-9,12-13两种基因型为研究对象,研究包含该多态性位点的DNA片段的聚合酶链反应(PCR)扩增条件和紫外检测条件,建立标准化扩增条件和检测条件,以此获得基因分型的标准物及其标准Uv.s.以标准光谱为识别变量,建立了9-9与12-13基因型的PRLDA判别模型.结果:所建立的PRLDA模型有较大的类间距和较小的类内距,表明模型具有良好的稳健性,且预测样本均分布在校正样本集的范围之内,对预测样本也表现出了极强的判别能力.结论:该方法不需任何检测前处理,而只需一步PCR扩增和UV-s检测即可实现STR的基因分型,具有简单、快速、低成本等优点.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	谢洪平	苏州大学医学部药学院	56	223	7.0	12.0
2	王心良	西华师范大学化学化工学院	13	47	4.0	6.0
3	牟红元	苏州大学医学部药学院	4	22	2.0	4.0
4	齐斌	西华师范大学化学化工学院	1	2	1.0	1.0