基于蛋白质互作评价差异表达基因的重复性

• 作者: 任丽萍 洪贵妮 章琳 郭政
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 生物学
• 关键词: 差异表达基因 共表达 蛋白质互作子网 功能一致性
• 年，卷（期）: 2011,（3）
• 页码范围: 181-184
• 分类号: Q51
• 字数: 2929字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2011.03.001

摘要

利用高通量基因表达谱数据可以识别在肿瘤与正常组织中差异表达的基因,为研究癌机理提供重要的线索.目前,在研究同种癌型的不同实验中发现的差异表达基因的交叠比例很低.这种高通量墓因表达谱数据低重复性的现象严重制约了基因芯片在癌症研究中的应用.然而,已有研究表明从研究同种癌型的不同实验数据中得到的不交叠的差异表达基因倾向于扰动相同的功能.因此,在评价差异表达基因重复性时,应考虑其在生物学功能上的一致性.本文结合基因共表达和蛋白质互作关系,设计了功能重复性指标来评价差异表达基因列表的可重复性.通过分析两套卵巢癌数据,发现对同种癌型得到的差异表达基因具有很高的功能一致性(p <0.000 1).结果表明,在功能水平上评估差异表达基因的一致性具有合理性.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	郭政	电子科技大学生命科学与技术学院生物信息学中心	9	10	2.0	2.0
2	洪贵妮	电子科技大学生命科学与技术学院生物信息学中心	3	7	2.0	2.0
3	任丽萍	电子科技大学生命科学与技术学院生物信息学中心	1	2	1.0	1.0
4	章琳	电子科技大学生命科学与技术学院生物信息学中心	1	2	1.0	1.0