南方和北方根结线虫分泌蛋白组预测与比较分析

• 作者: 李午佼 王运生 颜瑾
• 来源期刊: 湖南农业大学学报（自然科学版）
• 学科: 农学
• 关键词: 根结线虫 分泌蛋白 模体
• 年，卷（期）: 2011,（4）
• 所属期刊栏目: 生物科学与技术
• 页码范围: 376-380
• 分类号: S432.4
• 字数: 3271字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1238.2011.00376

摘要

通过SignalP 3.0、TargetP 1.1、KohGPI、TMHMM 2.0等系列软件对南方和北方根结线虫分泌蛋白组进行预测.结果表明,南方和北方根结线虫预测分泌蛋白数为2622和1696个,分别占总基因数的13.65%和12.95%.经BlastP(E＜1e-10)分析,分别有754个和466个能在KOG(eukaryotic orthologous groups)库中找到相似蛋白,其功能主要包括能量代谢与转运、信号传导、转录活性调控等.基因本体(Go)分析结果表明,南方和北方根结线虫的预测分泌蛋白数目在核定位信号和转录活性调控上存在显著差异.用MEME/MAST搜索并分析根结线虫分泌信号肽保守的模体(Motif),得到54个南、北方根结线虫分泌信号肽共有的模体.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王运生	湖南农业大学生物安全科学技术学院	21	661	8.0	21.0
2	颜瑾	湖南农业大学生物安全科学技术学院	5	32	3.0	5.0
3	李午佼	湖南农业大学生物安全科学技术学院	1	3	1.0	1.0