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四种常用高通量测序拼接软件的应用比较
四种常用高通量测序拼接软件的应用比较
作者:
姜焕焕
安小平
朱大强
李存
江晓芳
童贻刚
米志强
陈斌
陈禹保
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
第二代测序
从头拼接
Velvet
ABySS
SOAPdenovo
CLC Genomic Workbench
摘要:
新一代测序平台的诞生推动了对全基因组鸟枪法测序数据的拼接算法和软件的研究,自2005年以来多种用于高通量测序的序列拼接软件已经被开发出来,并且在不断地进行改进以提高拼接效果.本文利用目前广泛使用的高通量测序拼接软件Velvet、AbySS、SOAPdenovo和CLC Genomic Workbench分别对本试验室分离的一株噬菌体IME08的高通量测序结果进行拼接,介绍这几种拼接软件的安装使用及参数优化,并对不同软件的拼接结果进行比较,针对不同的拼接软件得到优化的拼接参数,可为其他研究人员使用上述软件提供参考借鉴.
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高通量测序
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文献信息
篇名
四种常用高通量测序拼接软件的应用比较
来源期刊
生物信息学
学科
生物学
关键词
第二代测序
从头拼接
Velvet
ABySS
SOAPdenovo
CLC Genomic Workbench
年,卷(期)
2011,(2)
所属期刊栏目
研究方向
页码范围
106-112
页数
分类号
Q518.2
字数
5833字
语种
中文
DOI
10.3969/j.issn.1672-5565.2011.02.004
五维指标
传播情况
被引次数趋势
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引文网络
引文网络
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共引文献
(0)
参考文献
(8)
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节点文献
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研究起点
研究来源
研究分支
研究去脉
引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
生物信息学
主办单位:
哈尔滨工业大学
出版周期:
季刊
ISSN:
1672-5565
CN:
23-1513/Q
开本:
大16开
出版地:
黑龙江省哈尔滨市西大直街92号哈尔滨工业大学邵逸夫科学馆一楼
邮发代号:
14-14
创刊时间:
2003
语种:
chi
出版文献量(篇)
937
总下载数(次)
6
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