细胞色素P450BM3催化正十六烷动力学计算

• 作者: 姚学峰 宋怡铃
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 生物学
• 关键词: 细胞色素P450 BM3 正十六烷 底物结合动力学 分子动力学模拟
• 年，卷（期）: 2011,（2）
• 页码范围: 134-137
• 分类号: Q554.1
• 字数: 2129字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2011.02.009

摘要

细胞色素P450 BM3作为烷烃羟基化酶,能催化正链烷烃,已被广发研究和应用.利用动力学模拟软件对BM3酶与烷烃底物复合物进行构象、酶的活性位点以及结合能的预测,并通过模拟水以及离子环境下对复合物的影响,从能量及构象位移的角度阐述BM3酶与底物结合的机理,从而用分子动力学观点来解释细胞色素P450催化烷烃机理.用Auto dock等软件将BM3与十六烷对接,发现底物C16与铁原子间距为7.57 ?,并发现与底物结合的活性位点关键残基:ALA 330,ALA 74,SER 72,GLN 73,ALA328,LEU 188,LEU 437.经Gromacs动力学模拟步长为1 ns,温度在298 K,压力为常压1.0,复合物结合稳定.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	姚学峰	北京航空航天大学生物与医学工程学院	3	7	2.0	2.0
2	宋怡铃	北京航空航天大学生物与医学工程学院	2	4	1.0	2.0