鲤基因组中1个新Tcl类转座子的发现与鉴定

• 作者: 冀培丰 孙效文 徐鹏 王全乐
• 来源期刊: 中国水产科学
• 学科: 农学
• 关键词: Tcl 转座子 鲤 拷贝数 重复序列
• 年，卷（期）: 2011,（6）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 1392-1398
• 分类号: S917
• 字数: 4856字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1118.2011.01392

摘要

在鲤(Cyprinus carpio)基因组中鉴别出一个新的具有潜在转座活性的Tcl类转座子,并命名为CCTN转座子(Cyprinus carpio Transposon,CCTN).CCTN转座子全长l 611 bp,由两端约214 bp的反向重复序列(Inverted Repeat,IR)和中间不间断的996 bp的转座酶开放阅读框(Open Reading Frame,ORF)组成.CCTN转座子推测的转座酶序列中存在完整的DD(34)E结构域,此结构域是Tel类转座酶作用的必需位点之一.采用实时荧光定量PCR评估CCTN转座子在鲤基因组中的拷贝数约为2.28×103,占全基因组的0.21％.分子系统学研究表明,CCTN转座子是一个新的鱼类Tcl类转座子,其与斑马鱼(Danio rerio)Tzf-28、大西洋鲑(Salmo salar)SALT1和鲽(Pleuronectes platessa)PPTN2等Tcl类转座子亲缘关系较近.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	孙效文	中国水产科学研究院生物技术研究中心	159	3935	35.0	57.0
2	王全乐	中国水产科学研究院生物技术研究中心	1	4	1.0	1.0
6	冀培丰	中国水产科学研究院生物技术研究中心	1	4	1.0	1.0
7	徐鹏	中国水产科学研究院生物技术研究中心	16	110	6.0	10.0