Smith-Waterman法在CellB.E上的优化

• 作者: 刘利 杨广文 王牧
• 来源期刊: 高性能计算技术
• 学科: 工学
• 关键词: 动态规划 Cell B.E 异构多核 并行算法 性能优化
• 年，卷（期）: 2011,（4）
• 所属期刊栏目: 高性能计算热点技术
• 页码范围: 33-38
• 页数: 6页
• 分类号: TP31
• 语种: 中文

摘要

在生物信息学领域中,序列匹配算法是非常基础并且重要的一类算法.Smith -Waterman算法是一种寻找最优匹配的动态规划算法,然而由于其较高的算法复杂度和如今迅速增长的生物信息学数据规模都给该算法的高效应用提出了挑战.因此,近年来有许多针对该算法在主流多核处理器上优化实现的工作被发表.本文在异构多核处理器Cell B.E上提出了针对该处理器特点的优化算法,称之为CellSW.与目前在CellB.E上的最优算法相比,本文的算法有2.5倍的性能提升.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	杨广文	清华大学计算机系高性能所网格计算实验室	54	540	12.0	22.0
2	刘利	清华大学计算机系高性能所网格计算实验室	13	49	4.0	7.0
3	王牧	清华大学计算机系高性能所网格计算实验室	1	0	0.0	0.0