R-2-卤代酸脱卤酶的同源模建及底物对映体选择性研究

• 作者: 吴坚平 徐刚 杨立荣 林春娇
• 来源期刊: 生物技术通报
• 学科: 生物学
• 关键词: R-2-卤代酸脱卤酶 同源模建 分子对接 假单胞菌ZJU26 对映体选择性
• 年，卷（期）: 2011,（10）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 191-198
• 分类号: Q55
• 字数: 4232字
• 语种: 中文

摘要

对来自假单胞菌ZJU26中的R-2-卤代酸脱卤酶(DehI-R)进行同源模建,分析其与底物的相互作用,为解析酶的底物对映体选择性提供理论依据.采用Sybyl中的APM模块首次构建并优化了R-2-卤代酸脱卤酶的三维结构,并用Procheck 验证结构模型的合理性.使用Suflex-Docking模块将结构模型与底物分别进行对接,分析相互之间的作用.序列比对结果显示,R-2-卤代酸脱卤酶与恶臭假单胞菌PP3中DehI的相似性达23.71％.Deh-R模建后的结构与模板很好的吻合.模型比对分析DehI-R中参与催化的残基,除Asn2.03外大部分都比较保守.分子对接结果表明,R-2-氯丙酸和S-2-氯丙酸都可以结合到活性位点上,决定其选择性的是值点Asn203,在RS-2-卤代酸脱卤酶所对应位点的残基为Ala,相比之下,Aan具备较大的空间位阻,从而阻止了S-2-氯丙酸的反应.利用Sybyl中的Biopolymer模块对R-2-卤代酸脱卤酶中的Asn203突变成具有不同空间位阻的Ala、Gly和Gln.突变酶与底物对接结果进一步证实了Asn203位点对R-2-卤代酸脱卤酶的底物对映体选择性作用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	杨立荣	浙江大学化学工程与生物工程学系	117	903	14.0	25.0
2	徐刚	浙江大学化学工程与生物工程学系	84	500	11.0	17.0
3	吴坚平	浙江大学化学工程与生物工程学系	99	759	12.0	23.0
4	林春娇	浙江大学化学工程与生物工程学系	3	12	2.0	3.0