柞蚕核型多角体病毒和家蚕核型多角体病毒的同义密码子使用模式分析

• 作者: 刘彦群 李京生 杨瑞生 潘敏慧 石生林 秦利 贾萍
• 来源期刊: 蚕业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 柞蚕核型多角体病毒 家蚕核型多角体病毒 同义密码子 密码子偏好性
• 年，卷（期）: 2011,（2）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 266-271
• 分类号: S885.1|S884.5+1
• 字数: 3570字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.0257-4799.2011.02.013

摘要

基因组中的基因和基因密码子组成不同使柞蚕核型多角体病毒(ApNPV)与家蚕核型多角体病毒(BmNPV)间不能交叉感染.通过计算有效密码子数(ENc)、相对同义密码子使用度(RSCU)、GC含量、GC3s含量、密码子适应指数(CAI),比较分析ApNPV和BmNPV同义密码子使用模式差异.ApNPV和BmNPV的密码子偏好性均较弱,但二者的ENc值和GC含量差异显著;除碱基组成外,还存在其它因素影响密码子使用模式,但各影响因素的贡献率均较低,在基于密码子使用频率的对应分析中BmNPV的第1、第2向量轴贡献率均低于ApNPV;ApNPV的基因表达水平与GC含量、GC3s含量以及ENc值极显著相关(r分别为0.418、0.735、-0.628,P=0.000),而BmNPV的基因表达水平只与GC3s含量呈弱相关(r=0.214,P=0.010).分析结果显示,ApNPV和BmNPV的密码子偏好性虽均较弱,但同义密码使用模式及其影响因素存在差异.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	石生林	沈阳农业大学生物科学技术学院	57	230	10.0	12.0
2	潘敏慧	西南大学农业部蚕桑功能基因组与生物技术重点开放实验室	47	207	8.0	11.0
3	刘彦群	沈阳农业大学生物科学技术学院	45	305	11.0	15.0
4	秦利	沈阳农业大学生物科学技术学院	109	526	13.0	17.0
5	贾萍	沈阳农业大学生物科学技术学院	3	16	2.0	3.0
6	李京生	沈阳农业大学生物科学技术学院	2	16	2.0	2.0
7	杨瑞生	沈阳农业大学生物科学技术学院	51	186	8.0	12.0