利用生物信息学方法预测家蚕核型多角体病毒基因组编码的miRNA

• 作者: 夏定国 宋菲 沈兴家 裘智勇 赵巧玲 陈蔚 黄勇
• 来源期刊: 蚕业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 家蚕核型多角体病毒 小RNA 生物信息学 反转录PCR 靶基因
• 年，卷（期）: 2011,（5）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 818-824
• 分类号: S884.5+1|Q78
• 字数: 4352字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.0257-4799.2011.05.005

摘要

microRNAs (miRNAs)是长度为18～25 nt的非蛋白质编码小RNA分子,可以通过抑制有关基因mRNA的翻译从而调控机体的生长发育、疾病发生等过程.在很多病毒中发现有miRNA的存在,这些miRNA可能在病毒基因的表达以及与宿主的相互作用中发挥作用.利用vMir软件预测家蚕核型多角体病毒(BmNPV)基因组可能编码的miRNA前体序列,对BmNPV基因组扫描分析后,得到7条能形成发夹结构的可能是miRNA的候选前体序列.以BmNPV添食感染5龄起蚕,72 h后取幼虫血淋巴提取总RNA,对这7条序列进行反转录PCR验证,其中扩增出的5条序列在BmNPV基因组中有相同的序列,推测这5条序列为BmNPV基因组编码的miRNA前体序列.进一步分析5条miRNA前体序列的发夹结构,并用反转录PCR的方法验证其成熟体序列,结果在5条miRNA前体序列共扩增出6条在BmNPV基因组中有相同序列的成熟体序列,它们分别位于不同的ORF之间,是BmNPV基因组编码的miRNA.利用在线靶基因预测程序RNAhybrid和RNA22预测到6条miRNA在BmNPV中的13个可能的靶基因,其中有6个靶基因是病毒的结构蛋白基因,2个为晚期表达因子基因,5个为未知功能基因.推测这些BmNPV基因组编码的miRNA可能与病毒感染宿主有关.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	裘智勇		14	58	4.0	7.0
3	赵巧玲		24	86	5.0	8.0
5	夏定国		15	50	4.0	6.0
7	黄勇		11	142	6.0	11.0
14	宋菲		5	9	1.0	3.0
15	陈蔚		1	9	1.0	1.0