通过整合分析解析AML1-ETO融合蛋白靶基因的方法

• 作者: 何苗苗 张济 李易真 杨文涛 王侃侃 范惠咏
• 来源期刊: 肿瘤
• 学科: 医学
• 关键词: 白血病 基因表达调控 AML1-ETO融合蛋白 靶基因
• 年，卷（期）: 2011,（6）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 495-501
• 分类号: R733.71
• 字数: 3734字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3781/j.issn.1000-7431.2011.06.004

摘要

目的:通过整合不同来源的表达谱数据和转录因子结合位点分析方法,以解析受AML1-ETO融合蛋白调控的潜在靶基因.方法:整合含有异常转录因子的表达谱数据和RNA干扰该转录因子的表达谱数据,筛选出与该转录因子密切相关的差异表达基因,应用转录因子结合位点分析法解析和评价该转录因子的潜在靶基因.以富集和干扰AML1-ETO融合蛋白表达的表达谱数据作为实例,具体解析AML1-ETO融合蛋白调控的潜在靶基因,并通过染色体免疫共沉淀-实时定量PCR(chromatin immunoprecipitation-real time quantitative-PCR,ChIPqPCR)验证这种方法的可靠性.结果:获得与AML1-ETO融合蛋白密切相关的基因311条,其中72条包含有AML1-ETO结合位点(上调25条、下调47条).上调和下调基因与背景基因组相比,差异均有统计学意义(P值均<0.005).整合之后,2组表达谱中共同调变的基因中,潜在AML1-ETO融合蛋白调控的靶基因比例更高.随机选择潜在靶基因进行ChIP-qPCR验证,证实这些基因大多能被AML1-ETO融合蛋白结合.结论:通过整合分析筛选AML1-ETO融合蛋白调控潜在靶基因的方法是可行的,且可信度较高.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	范惠咏	上海交通大学医学院附属瑞金医院医学基因组学国家重点实验室	6	4	1.0	1.0
2	张济	上海交通大学医学院附属瑞金医院医学基因组学国家重点实验室	8	10	2.0	3.0
3	王侃侃	上海交通大学医学院附属瑞金医院医学基因组	11	10	2.0	3.0
4	杨文涛	上海交通大学医学院附属瑞金医院医学基因组学国家重点实验室	3	0	0.0	0.0
5	李易真	上海交通大学医学院附属瑞金医院医学基因组学国家重点实验室	1	0	0.0	0.0
6	何苗苗	上海交通大学医学院附属瑞金医院医学基因组学国家重点实验室	1	0	0.0	0.0