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基于对数线性模型的酵母基因转录调控模体分析
基于对数线性模型的酵母基因转录调控模体分析
作者:
周荣阁
张静
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
酵母基因
启动子
转录调控模体
对数线性模型
摘要:
识别真核基因的转录因子结合位点(或称模体)是后基因组时代的一项主要工作,对共表达或共调控的基因同时进行分析可以提高模体识别的准确性.本文基于2×2列联表的对数线性模型,以模体出现的基因条数计数,对酵母核糖体蛋白(RP)基因普遍使用的转录调控模体进行分析,然后用U-检验进一步筛选出相对于背景序列来说过表达的模体.这些模体为酵母RP基因潜在的转录调控元件,与实验获得的转录因子结合位点的符合率达90%.本方法的优点在于用严格的统计标准在一组基因启动子中搜索普遍使用的模体,克服了以往分析中对模体使用普遍性的模糊判断.本文的方法也可以有效地搜索共表达基因族的组合调控模体对.研究中还发现一个现象:2×2列联表中反映属性相关程度的Pearson相关系数与对数线性模型的交互效应之间存在着明显的相关性.这一结果提示,可以用对数线性模型的交互效应来评价两属性的关联情况.
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文献信息
篇名
基于对数线性模型的酵母基因转录调控模体分析
来源期刊
生物信息学
学科
生物学
关键词
酵母基因
启动子
转录调控模体
对数线性模型
年,卷(期)
2011,(2)
所属期刊栏目
研究方向
页码范围
120-124,130
页数
分类号
Q811.4
字数
3868字
语种
中文
DOI
10.3969/j.issn.1672-5565.2011.02.006
五维指标
作者信息
序号
姓名
单位
发文数
被引次数
H指数
G指数
1
张静
云南大学数学与统计学院统计系
50
141
7.0
10.0
2
周荣阁
云南大学数学与统计学院统计系
1
1
1.0
1.0
传播情况
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引文网络
引文网络
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二级引证文献(0)
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引证文献(1)
二级引证文献(0)
研究主题发展历程
节点文献
酵母基因
启动子
转录调控模体
对数线性模型
研究起点
研究来源
研究分支
研究去脉
引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
生物信息学
主办单位:
哈尔滨工业大学
出版周期:
季刊
ISSN:
1672-5565
CN:
23-1513/Q
开本:
大16开
出版地:
黑龙江省哈尔滨市西大直街92号哈尔滨工业大学邵逸夫科学馆一楼
邮发代号:
14-14
创刊时间:
2003
语种:
chi
出版文献量(篇)
937
总下载数(次)
6
总被引数(次)
4610
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