基因组步移技术克隆稀有鲫角蛋白18基因序列及序列分析

• 作者: 刘红 叶莹 蔡生力
• 来源期刊: 上海海洋大学学报
• 学科: 农学
• 关键词: 稀有鲫 角蛋白18 克隆 基因组步移
• 年，卷（期）: 2011,（5）
• 所属期刊栏目: 水产生物技术
• 页码范围: 661-668
• 分类号: S917
• 语种: 中文

摘要

角蛋白18是角蛋白的一种,属于S型角蛋白,是在哺乳动物和两栖类动物胚胎发育中第一个表达的中间纤维蛋白。根据已发表的人、爪蟾及斑马鱼角蛋白18 DNA序列,通过DNAman同源性比较获得保守序列,并从中设计二对引物。从稀有鲫基因组中PCR扩增得到2 779 bp的角蛋白18的DNA序列片段;通过基因组步移,分别获得该基因的上游和下游序列片段;最后将获得的全基因片段克隆至质粒载体pMD19-T进行序列测定检验。结果显示所克隆的稀有鲫角蛋白18基因全长3 765 bp。对该基因进行NCBI的Blastn同源性比较分析,表明稀有鲫同斑马鱼比较角蛋白18 DNA序列存在73.6%同源相似性;同时对该基因进行生物学分析,开放阅读框（Open ReadingFrame,ORF）预测表明稀有鲫角蛋白18是含有7个外显子和6个内含子,共编码367个氨基酸的蛋白质。研究亮点：首次成功克隆了稀有鲫角蛋白18基因全长序列3 765 bp,并且通过软件预测分析得出氨基酸序列,把氨基酸序列在DNA序列中进行标记,显示稀有鲫角蛋白18基因全长序列含有7个外显子和6个内含子,共编码367个氨基酸。另外,没有采用常用的从RNA反转录为cDNA为模板获得基因全长,而是直接以DNA为模板出发,利用基因组步移的方法获得基因全长。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	蔡生力	上海海洋大学农业部水产种质资源与养殖生态重点开放实验室	41	178	7.0	10.0
2	刘红	上海海洋大学农业部水产种质资源与养殖生态重点开放实验室	33	142	7.0	9.0
3	叶莹	上海海洋大学农业部水产种质资源与养殖生态重点开放实验室	1	5	1.0	1.0