猪链球菌GZ1基因组密码子使用分析

• 作者: 叶长芸 王海印 罗雪莲
• 来源期刊: 氨基酸和生物资源
• 学科: 生物学
• 关键词: 猪链球菌 同义密码子 对应分析
• 年，卷（期）: 2011,（2）
• 所属期刊栏目: 生物资源研究与利用
• 页码范围: 9-12
• 分类号: Q78
• 字数: 2899字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1006-8376.2011.02.003

摘要

以猪链球菌GZ1为研究对象,利用Codon W在线工具、对应分析、ENC绘图(Nc-plot)等方法研究其基因组的密码子使用情况及影响因素.猪链球菌GZ1基因组中GC含量为41.4%,偏爱使用以U或A结尾的密码子,其密码子使用具有一定的偏好性.对应分析表明,第1条向量轴与CAI(R=-0.749,P<0.01)、G+C(R=-0.216,P<0.01)呈显著相关,表明基因的表达水平是影响其密码子使用偏好的主要因素,碱基组成对猪链球菌GZ1基因组水平上密码子使用偏好有一定的影响.此外,芳香族蛋白质也对其密码子使用偏好有一定的影响.而蛋白质的疏水性对猪链球菌GZ1基因组水平上密码子使用偏好无影响.这些结论将为进一步研究猪链球菌的基因组学奠定一定的基础.